Niekiedy dochodziło na tym tle do aktów przemocy, a nawet karania winnych śmiercią (wg Raszida ad-Dina, Kubilaj wydał zarządzenie, cofnięte kilka lat później, aby muzułmanie „nie zarzynali baranów, lecz rozcinali im pierś według zwyczaju Mongołów, a każdego, kto zarżnie barana, należy zabić w ten sam sposób, zaś jego żonę, dzieci, dom i dobytek oddać donosicielowi”). Wobec tych rozbieżności islam nie zdobył sobie wyznawców wśród rdzennej ludności M. ani jej władców. Inaczej wyglądało to na obszarach, gdzie tradycje muzułmańskie były już zakorzenione, a Mongołowie, jako mniejszość, stopniowo przywykli do odmiennej kultury. W Złotej Ordzie już Berke (1257–67) przyjął islam, który szybko stał się tam dominującą religią, gdyż w ślad za władcą podążyli członkowie domu panującego i możnowładcy. W muzułmańskim Iranie władcy przyjęli religię Proroka dopiero w 2. poł. XIII w., czego gł. przyczyną była wrogość wobec muzułmańskiego Egiptu.