Unia lubelska (1569) wprowadziła realną unię Polski i L. W 1579 powstał Uniw. Wileński (p.n. Akad. Wileńska), zał. przez króla Stefana Batorego (przekształcony z kolegium jezuickiego), którego profesorami byli wybitni jezuici, m.in. S. Warszewicki, P. Skarga, J. Wujek, M. Sarbiewski. W 1584 rozpoczęła działalność prawosł. szkoła średnia przy klasztorze Św. Trójcy w Wilnie. Kolejne jezuickie kolegia katol. powstały w Krożach na Żmudzi (1614) i Kownie (1648). W wyniku rozbiorów L. została podzielona między Rosję i Prusy. W 1835 urodził się w Wilnie R. Kalinowski, powstaniec i zesłaniec na Syberię, karmelita (beatyfikowany 1983). Jednym z przywódców powstania styczniowego na L. był radykalny demokrata, ksiądz A. Mackiewicz (powieszony przez władze carskie). W 2. poł. XIX w. nastąpił wzrost świadomości nar. wśród Litwinów, a przywódcami odrodzenia nar. byli gł. księża katol.; na czele tego ruchu stał biskup żmudzki M. Wołonczewski (M. Valančius), miłośnik kultury i języka litewskiego. Ważną rolę w odrodzeniu nar. odegrały pisma chrześc.: „Šviesa”, „Žemaičiu ir Lietuvos Apžvalga”, „Tevynes Sargas”, wydawane na terenie Prus i przemycane na L. W 1893 doszło do napaści oddziału Kozaków na kościół w Krożach, który miał zostać zamknięty; wydarzenie to odbiło się echem w całej Europie.