Położyło to kres rozwojowi indiańskich cywilizacji i utorowało drogę przymusowej chrystianizacji meksykańskich ludów, prowadzonej przez misjonarzy towarzyszących konkwistadorom. Tubylcza ludność uległa wyniszczeniu w wyniku terroru, chorób zakaźnych, niewolniczej pracy w kopalniach i na plantacjach: z ok. 7 mln na pocz. XVI w., ok. 1568 przetrwało ok. 2,6 mln osób, a na pocz. XVII w. zaledwie 1,4 mln. Towarzyszyło temu niszczenie dorobku kult. jako reliktu pogaństwa (anonimowa twórczość lit., gł. hymny ku czci bogów i wojowników, dzieła architektury i sztuki). Chrześcijańskie kościoły wznoszono często na szczytach piramid, nierzadko z budulca, którego dostarczały wyburzane świątynie. Chrześcijaństwo umacniało jedność duchową i polit. Nowej Hiszpanii (początkowo gubernatorstwa, od 1535 wicekrólestwa). W czasach kolonialnych (1521–1821), a także po uzyskaniu przez M. niepodległości, katolicyzm był jedyną legalną religią. Dopiero 1860, po wprowadzeniu zasady wolności rel. za rządów liberalnego prez. B. Juáreza, zaczęły upowszechniać się nowe, gł. protest., wspólnoty rel. (1980 liczyły 2,4 mln czł. — ok. 4% ludności).