Gdy na przeł. XVIII i XIX w. wzrost świadomości nar. zaowocował dążeniami niepodległościowymi (ruchy niepodległościowe 1799, 1800–01, 1809, zakończone aresztowaniami i represjami), episkopat, w całości pochodzący z Hiszpanii, występował przeciwko tym irredentystycznym tendencjom. Wsparcia walczącym udzielali jedynie przedstawiciele niższego kleru, w którym znaczną rolę odgrywali księża pochodzenia tubylczego lub z rodzin mieszanych: IX 1810 na czele chłopskiego powstania stanął ksiądz M. Hidalgo y Costilla, domagający się równouprawnienia Indian, zniesienia niewolnictwa i zwrotu ziemi zagrabionej indiańskim wspólnotom gminnym; jego następcą był ksiądz J.M. Morelos y Pavón, który 1813 ogłosił niezależność M. od Hiszpanii, zniesienie niewolnictwa i konfiskatę latyfundiów (obaj duchowni zostali straceni). Także po zdobyciu niepodległości (IX 1821) i ustanowieniu federacyjnej republiki p.n. Stany Zjednoczone Meksyku (X 1824, XII 1836 uznana przez papieża Grzegorza XVI) meksykański Kościół korzystał z prawa patronatu, które przeszło na niepodległe państwo. Dopiero liberalne ustawy z 1856–60, ustanawiające m.in. rozdział Kościoła od państwa i konfiskatę dóbr kośc., osłabiły potęgę meksykańskiego Kościoła, nie zmniejszyły jednak jego wpływów duchowych i kulturalnych. Dzięki tzw. polityce pojednania za czasów dyktatorskich rządów (1876–1911) prez. P. Díaza de la Cruz, Kościołowi katol. udało się odbudować organizację i umocnić swą pozycję.