Pierwszymi misjonarzami w Nowej Hiszpanii byli franciszkanie, po których do M. przybyli dominikanie (1526), augustianie (1533), mercedariusze (1537) i jezuici (1585). Początkowy okres odznaczał się konfliktami między klerem zakonnym i świeckim, któremu udało się nadać Kościołowi meksykańskiemu kolonialny charakter, jeszcze bardziej ułatwiający kontrolę hiszp. Korony nad M., gwarantowaną przez prawo patronatu. Na początku znamienna dla Kościoła w M. była działalność takich biskupów jak B. de Las Casas (w stanie Chiapas) czy V. de Quiroga (w stanie Michoacán), którzy występowali w obronie Indian, w XVII i XVIII w. Kościół stał się obrońcą porządku kolonialnego i wspierał dążenia hiszp. mniejszości do panowania nad Kreolami, Metysami i Indianami. Władze kolonialne hiszp. popierały budowę nowych kościołów i klasztorów.