Chrześcijaństwo nigdy nie osiągnęło w M. większych wpływów, mimo że nestorianie (nestorianizm) rozpoczęli ożywioną działalność misyjną wśród koczowników środkowoazjat. już pod koniec V w. Do upowszechnienia wiary chrześc. na tych terenach przyczynił się gł. Tymoteusz (780–823), patriarcha Kościoła nestoriańskiego. Obok misjonarzy duży wkład w propagowanie nestorianizmu wnieśli kupcy. Na pocz. XI w. przyjęli chrześcijaństwo sąsiadujący z Mongołami Kereici, których władcy nosili później chrześc. imiona, np. Markus czy Kurdżakus (Cyriak). W XI w. przyjęli nestorianizm Onguci, o czym świadczą wzmiankowane w źródłach chrześc. imiona: Sergis (Sergiusz), Johannan lub Johan (Jan), Jaku (Jakub), Szimun (Szymon), Körgis (Georgius). W państwie mongolskim żaden władca nie był wyznawcą nestorianizmu, ale doktryna ta znalazła zwolenników wśród kobiet z najbliższego otoczenia chanów, licznych dostojników i urzędników dworskich oraz niektórych wodzów armii (np. Kitboga). Nestoriankami były m.in. kereicka synowa Czyngis-chana, niektóre żony Möngkego, żona Hulagu, a także żony chana Abagi. Za najbardziej przychylnego chrześcijaństwu uważa się Gujuka, który przyjął na swój dwór wielu chrześc. kapłanów (dominującą rolę wśród swych doradców pozostawił jednak szamanom). Chrześcijanami byli m.in. jego najwyżsi dostojnicy dworscy: Kadak i Czinkaj. Dla określenia chrześc. kapłanów (gł. nestorian) Mongołowie używali nazwy erkeün (część badaczy wywodzi ją od gr. archon ‘urzędnik’).