Po przejęciu władzy przez liberałów (1856), a także w latach meksykańskiej rewolucji stosunki między Kościołem katol. i państwem były napięte. Od 1940 wypracowywano modus vivendi. Stosunki między Kościołami protest. i państwem od dawna układały się harmonijnie, zwł. w okresie zdecydowanego antykatolicyzmu i jakobinizmu państwa (1914–40). Wzajemne relacje między katolikami i protestantami zawsze były napięte z powodu ekspansji ruchów protest., dokonującej się przy wsparciu ze strony meksykańskich liberałów. Niektóre radykalne ugrupowania protest. poprzez teologię wyzwolenia nawiązały kontakt z równie radykalnymi kręgami katol., ich znaczenie pozostało jednak marginalne. W M. znalazły swych zwolenników także wspólnoty niechrześc.; do najważniejszych z nich należą: mormoni (w stanie Chihuahua), Świadkowie Jehowy, wyznawcy bahaizmu, Hare Kryszna oraz zwolennicy ruchu spirytystycznego Allana Kardeca. Wśród szerokich warstw ludności wiejskiej M. utrzymuje się synkretyzm rel., łączący tradycyjne religie prekolumbijskie i katolicyzm ludowy. Jednym z kultów, które ostatnimi czasy odnotowały znaczny napływ zwolenników, jest kult grzybów halucynogennych kapłanki Maríi Sabiny w Sierra Mazateca (stan Oaxaca).