Przyjęcie lamaizmu, który wkrótce stał się dominującą religią Mongołów, poprzedził najazd południowomongolskich feudałów na teokratyczny Tybet. Doszło wówczas do porozumienia z grupą najwyższych lamów (lama). Jako jeden z pierwszych lamaizm przyjął Altan-chan (1507–83), przez kilka lat wkładający wiele wysiłku w jego upowszechnienie. Jeden z książąt mongolskich, Abataj-chan (1534–86), przyjął lamaizm ok. 1580, a 1586 przystąpił do budowy pierwszego klasztoru buddyjskiego w M. (Erdene Dzuu). Przyjmując lamaizm, chanowie uznali władzę rel. jednego z najwyższych lamów tybetańskich — bSod-nams-rgja-mc‘o (od Altan-chana uzyskał on 1578 tytuł dalajlamy). Od 1691 najwyższym zwierzchnikiem Kościoła lamajskiego w M. był bogd gegeen, uważany za wcielenie Buddy i obierany w taki sam sposób jak dalajlama w Tybecie. Lamaizm poprzez doktrynę inkarnacji sankcjonował i utrwalał istniejący w M. porządek społeczny. Szczególną pozycję posiadali lamowie, uznawani za elitę społeczeństwa i cieszący się rozmaitymi przywilejami (m.in. zwolnienie od służby wojsk. i podatków). Nic zatem dziwnego, że ich liczba stale wzrastała: na pocz. XX w. było ok. 700 wielkich klasztorów i ok. 1 tys. mniejszych, kler zaś stanowił 25% ludności. Do klasztorów oddawano dzieci w wieku 7 lub 8 lat. System nauczania polegał gł. na pamięciowym opanowaniu materiału, a podstawowym źródłem wiedzy był tybetański kanon buddyjski (Kandżur, Tandżur). Adepci zwykle kończyli edukację na średnim stopniu (3 etapy obejmowały ok. 16 lat): otrzymywali wówczas ostatnie święcenia i zostawali lamami. Nauka wyższego stopnia trwała jeszcze ok. 20 lat.