Po utracie władzy w Chinach (1368) M. stanowiła rozdrobniony i słaby ekonomicznie kraj. Podstawą systemu gosp. było nadal ekstensywne pasterstwo. Po śmierci Dajan-chana (1543), ostatniego ogólnomongolskiego chana, M. rozpadła się na kilka niezależnych księstw, które bezskutecznie dążyły do uzyskania pozycji hegemona. W 2. poł. XVI w. wśród Mongołów zaczął rozprzestrzeniać się buddyzm tybetański szkoły dGe-lugs-pa, stopniowo wypierając zarówno szamanizm, jak i starsze formy buddyzmu istniejące od czasów imperium mongolskiego (największe wpływy średniow. buddyzm osiągnął w państwie Kubilaja 1215–94, który okazywał tolerancję wobec wszystkich religii; kolejny władca, Temür 1294–1307, odebrał klasztorom buddyjskim nadane im przez poprzednika przywileje podatkowe). Głównymi propagatorami islamu wśród mongolskich koczowników byli początkowo kupcy muzułmańscy. Mongołowie cenili wytwory kultury materialnej świata islamu, a także umiejętności handl. i organizacyjne muzułmanów, ale samą religię traktowali z pewną rezerwą czy nawet wrogością, wywołaną m.in. przez część islamskich zwyczajów, np. zabijanie zwierząt przez podrzynanie im gardła dla wyznawców szamanizmu były ciężkim naruszeniem ich wierzeń i obyczajów.